目前国内特色小镇建设主要存在以下问题：首先，重建设、轻管理。目前，有些特色小镇发展目标很远大，号称三五年之内要达到常住人口十万，吸引游客数百万。虽然目标远大，但是对于建设团队怎么培养、怎么扶持产业发展、怎么吸引游客，都缺乏具体的操作思路。

其次，还存在体制、机制障碍。最严重的就是用地问题。很多特色小镇会涉及到用地用途转换的问题，从原有的农地变为建设用地，这就涉及到国土规划调整以及国土的收储等一系列过程。原有的用地是受国家法律法规所控制的，国家管理也很严格。如果为了建设特色小镇而突破用地红线，这是不可能的。所以在这种情况下就会出现一个问题，例如特色小镇规划规定什么时候之前必须动工建设，什么日期之前必须见到成效，而用地部门常常因为相关程序还没走完而不能动工。

这也是国内特色小镇建设的一个比较无奈的现象，一方面住建部门，甚至很多省市级领导都比较重视特色小镇建设工作，一方面土地管理部门也不会放松相关规制。所以在特色小镇建设初期，土地管理部门只好先将土地割让给小镇，但要求开工完土地要恢复原状，这就严重影响特色小镇建设的效率和进度。

所以，虽然现在中央乃至地方政府都出台了很多支持特色小镇发展的利好政策，但是要看到，相关政策只是起引导作用，而国内特色小镇是否能真正发展起来，还是取决于小镇自身的资源情况和发展基础，还有良好的规划、科学的开发建设以及成功运营的模式。因此，在同样的政策之下，有的特色小镇能够很好的发展，而有的特色小镇可能几年后就没有了。

最后，资金问题也是影响特色小镇发展的因素。如果小镇有资源基础、产业基础和开发架构，是不愁缺少资金的。因此，特色小镇要让投资者看到发展前景，能有钱赚，资金自然会投入。